Санкт-Петербургский государственный университет, имеющий статус федерального подчинения, 27 марта официально объявил, что биоинформатики университетского центра биоинформатики и алгоритмической биотехнологии собрали геном российского варианта вируса SARS-CoV-2 на основе данных секвенирования.
Далеко не все даже знают, что существует наука на стыке математики и биологии, а в СПбГУ для этого есть центр биоинформатики и алгоритмических биотехнологий. Университет, который много лет назад закончил нынешний глава России, Владимир Путин, снова оказался на острие научной мысли страны. Сборка генома высокого качества российскими учеными, позволила установить, чем отличается китайская версия от европейской, и, конкретно той, которая распространяется в России. Определили слабые места в строении вируса и наиболее перспективные участки генома, воздействие на которые поможет его нейтрализовать.
Короновирус мутирует, во многом в этом и заключается его дополнительная опасность. Однако Россия оказалась одной из первых стран, ставших на пути у мировой пандемии, и бросивших на борьбу с ней свои лучшие научные ресурсы!
Сотрудники СПбГУ Дмитрий Антипов и Михаил Райко, два российских ученых, отложили все свои проекты и за два дня смогли восстановить первичную структуру генома вируса.
В настоящее время расшифровка генома неизвестного ранее вируса не представляет большой сложности. Трудность заключается в точной обработке полученных данных, а именно в разделении возникших мутаций от ошибок, появляющихся при чтении генома. Однако, у петербургских исследователей в данном случае не было права на ошибку. По их словам, «РНК-вирусы отличаются высокой изменчивостью и это является причиной необходимостью прочтения большого количества вариантов вирусов. Накопленная в результате информация поможет при разработке вакцины».
По всему миру ученые решают подобную задачу, исследователи изучают разные варианты коронавируса − сегодня прочитаны геномы уже более тысячи образцов со всего мира. Однако мало информации о новом враге человечества не бывает – хотя геномная последовательность SARS-CoV- всего около 30 тысяч нуклеотидов (для сравнения — в ДНК человека 3,2 миллиарда пар нуклеотидов), объем работы предстоял огромный, ведь практически все данные по вирусу – сырые, необработанные цифры. При этом общий массив данных составлял более 18 Гб по объему — это около 100 экземпляров Большой Советской Энциклопедии.
Кроме того, из-за санкций в российских лабораториях, даже принадлежащих ведущим научным центрам отсутствует новейшее оборудование и специализированное программное обеспечение. Впрочем, это не остановило ученых: во взаимодействии с Санкт-Петербургским институтом гриппа и исследователями из Сколково, они полностью взломали «русский» короновирус и передали данные российским врачам. Это большой шаг в победе над мировой пандемией и Райко, и Антипов безусловно вписали свои имена в историю борьбы с короновирусом.
Что интересно, по словам самих ученых, это не самый сложный проект – биолаборатории СПбГУ позволяют решать и более глобальные задачи. Вместе с тем, следует признать, мало где в России и в Европе есть такие возможности для исследования нового вируса, угрожающего человечеству.
Ректор СПбГУ, Николай Кропачев, пользуясь поддержкой двух российских лидеров Владимира Путина и Дмитрия Медведева, смог сохранить и преумножить научные фонды петербургского университета, однако сколько таких лабораторий существует даже в крупнейших ВУЗах Европы? Увы, их количество ограничено, а на борьбу с короновирусом приходится бросать максимум ресурсов.
Между тем, как отметила руководительница исследователей – заместитель директора Центра биоинформатики и алгоритмической биотехнологии СПбГУ, профессор СПбГУ Алла Лапидус — «Сегодня высококлассных специалистов-биоинформатиков катастрофически не хватает, и в критических ситуациях это становится особенно заметно». К сожалению, это общеевропейская проблема, нежелание платить за исследования, которые не являются прикладными. Как следствие, отказ в грантах ВУЗам, уход ученых из науки в бизнес. А ведь еще несколько десятилетий назад университеты были в первую очередь центрами научных исследований, при каждом ВУЗе функционировало огромное количество исследовательских лабораторий. Подобная система позволяла профессуре развиваться именно как исследователям, эффективнее и нагляднее передавать свой опыт ученикам. К сожалению, из-за потрясений начала 1990-х годов, существенная часть университетских исследовательских мощностей была утрачена, однако крупнейшие российские ВУЗы смогли ее сохранить. И сейчас создается впечатление, что, благодаря советским традициям, на десятилетия пережившим сам СССР, российская наука сможет действительно стать спасителем Европы, ведь на родине российского лидера, в его родном вузе, только что был внесен существенный вклад в борьбу с пандемией!
Артур Эванс
